Collecties en online databases

Waarom beheren wij deze collecties?

Collectiebeheer behoort tot de wettelijke taken van NIVIP. Daarnaast helpt een goede collectie referentiemateriaal bij het stellen van betrouwbare diagnoses en ontwikkelen van nieuwe toetsen. Ten slotte blijft op deze manier historische kennis bewaard en kunnen nieuwe ontwikkelingen goed in perspectief worden geplaatst.

Hoe bewaren wij de collectie?

Een groot deel van de collectie bewaren we bij -80 °C. Maar we hebben ook levende collecties, bijvoorbeeld met levende planten waarin we virussen bewaren die zich moeilijk vermeerderen. Daarnaast hebben we een herbarium, een nematologische ringtuin en een virustuin.

Welke collecties beheren wij?

Wij beheren de volgende collecties:

• NIVIP Collection
• Nematodencollectie (NCE (Nematode Collection Europe))
• Q-bank
• Q-bank Invasive Plants
• Nextstrain

NIVIP Collection

Wij beheren een grote collectie referentiemateriaal. Deze collectie bevat monsters van fytosanitair belangrijke:

• insecten
• bacteriën
• schimmels
• invasieve planten
• nematoden
• fytoplasma's, virussen en viroïden

Ook bevat de collectie gelijkende of verwante soorten.

Via de NIVIP Collection kunt u de database doorzoeken en zien welke soorten in onze collectie zijn opgeslagen.

Nematodencollectie

Wij beheren als enige in Nederland een collectie van nematoden. Dit zijn preparaten van nematoden (of rondwormen) die onder andere als parasiet leven en plantenziekten kunnen veroorzaken. De nematodencollectie is een collectie van ongeveer 55.000 preparaten, afkomstig uit de hele wereld. De collectie bevat de volgende belangrijke nematodengroepen:

• plant-parasitaire nematoden
• bacterie-etende nematoden
• schimmel-etende nematoden
• saprofytische nematoden
• insect-parasitaire nematoden
• carnivore nematoden

De typepreparatencollectie en het nomenclatorisch of naamgevend kaartsysteem zijn door de Wageningen University en door ons gedigitaliseerd.

Typepreparaten

De typepreparaten vormen het hart van de collectie en bestaat uit ongeveer 3.500 permanente preparaten. Types zijn zogenaamde naamdragende preparaten. Bij het beschrijven van een nieuwe nematode is men verplicht om types in een officiële collectie te plaatsen. Deze preparaten moeten worden onderhouden en beschikbaar zijn voor andere taxonomen.

Werkcollectie

De werkcollectie omvat circa 50.000 permanente preparaten met in totaal ruim 200.000 op naam gebrachte nematoden. Dit collectiedeel wordt gebruikt:

• voor het geven van onderwijs (intern en extern)
• bij taxonomisch onderzoek
• als referentiemateriaal bij het op naam brengen van nematoden

Nomenclatorische systeem

Het nomenclatorische systeem omvat ruim 25.000 nematodennamen. Hierin worden:

• nieuwe nematodennamen opgenomen
• naamsveranderingen bijgehouden
• de synoniemen- homoniemenhistorie vastgelegd

Q-bank

De Q-bank is opgezet door NIVIP, en later overgedragen aan de European and Mediterranean Plant Protection Organization (EPPO). In de online database vindt u beschrijvingen van organismen die schadelijk zijn voor cultuurgewassen en de groene ruimte.

Het gaat om morfologische, moleculaire, fysiologische, biologische en ecologische informatie van:

• bacteriën
• schimmels
• insecten
• nematoden
• fytoplasma's
• virussen en viroïden
• invasieve planten

De gegevens in de Q-bank zijn gecontroleerd door vakspecialisten, en beschikbaar als referentiemateriaal in de aangesloten Europese collecties.

Waarvoor kunt u de Q-bank gebruiken?

Als fytosanitaire organisatie kunt u de Q-bank gebruiken als referentie- en identificatiedatabase. Bij fytosanitaire organisaties kunt u denken aan:

• nationale plantenziektenkundige diensten
• keuringsdiensten
• commerciële laboratoria

Om quarantaineorganismen en andere schadelijke organismen snel en adequaat te kunnen detecteren, diagnosticeren en identificeren, zijn de volgende gegevens beschikbaar:

• referentiemateriaal
• digitale sleutels
• beschrijvingen
• foto's

De beschrijvingen vormen een aanvulling op de soortinformatie die andere organisaties zoals CABI en EPPO online beschikbaar stellen. Bij soortinformatie die zij beschikbaar stellen kunt u denken aan diagnostische protocollen, datasheets, verspreidingskaarten, PRA's.

Van soorten die in Q-bank zijn opgenomen zijn exemplaren fysiek in de aangesloten Europese collecties beschikbaar. Ook kunt u moleculaire informatie en materiaal opvragen. Bovendien kunt u als onderzoeker direct moleculaire gegevens controleren ('blasten') tegen de sequenties die in Q-bank staan.

Wie beheert Q-bank?

Een team van diagnostische specialisten werkt de gegevens in Q-bank continu bij. Zij zijn aangewezen door EPPO.

Q-Bank Invasive Plants

De databank Invasieve planten vergemakkelijkt de identificatie van invasieve planten in Nederland en België met datasheets en interactieve sleutels. De database richt zich op vaatplanten (exclusief algen en mossen), met speciale aandacht voor waterplanten (niet-mariene planten).